サブドメイン追加の画面の 「ドキュメントルート」はどちらを選択すればよいですか？

Xserverでサブドメインを追加する場合、基本的には

/onitobi.com/public_html/(サブドメイン名)/

を選ぶのがおすすめです。

例えば「blog.onitobi.com」を作る場合

ドキュメントルートは、

/onitobi.com/public_html/blog/

とします。

すると、サーバー内は次のような構成になります。

/onitobi.com/
└─ public_html/
   ├─ onitobi.com本体のファイル
   └─ blog/
      ├─ WordPress
      ├─ wp-admin/
      ├─ wp-content/
      └─ wp-includes/

そして、

https://blog.onitobi.com/

にアクセスすると、public_html/blog/ の内容が表示されます。

もう一方は？

/onitobi.com/public_html/blog.onitobi.com/

でも技術的には動かせますが、サブドメイン名そのものをフォルダ名にする必要はありません。

特に、これから

「新規サブドメイン＋WordPress＋Cocoon」

でブログを作るのであれば、

/onitobi.com/public_html/サブドメイン名/

というシンプルな構成をおすすめします。

結論：

なお、「公開（無料SSL）」はONにしておくのがおすすめです。

もし今回のサブドメインが、以前作られていたシニア向けブログ用などであれば、実際のサブドメイン名を教えていただければ、Xserverで「どこに何を入力するか」を画面順に説明します。